Les micro-séries sont cinq numéros qui s’intercalent au début de l’histoire principale, permettant de mettre l’accent sur un personnage en particulier et de développer un récit sans empiéter sur l’ongoing.
Première édition
Raphael
Me, myself and I
(Avril 1985)
Fugitoid
The Fugitoid's origins
(1985)
Michaelangelo
The Christmas aliens
(Décembre 1985)
Donatello
Kirby and the warp crystal,
(Février 1986)
Leonardo
What goes around... Comes around
(Décembre 1986)Rééditions avec suppléments
Fort du succès des comics Tortues Ninja, Mirage Studios a réédité ses trois premières micro-séries avec une aventure supplémentaire de quelques pages.
Michaelangelo
A Christmas Carol
(Décembre 1990)