Quatre tortues, quatre frères. Génétiquement modifiés dans les égouts de New York, baptisés d’après quatre grands maitres de la renaissance, et entrainés pour devenir des ninjas. Ils ont affrontés de nombreuses créatures, et d’innombrables ennemis avant d’anéantir le plus redoutable d’entre eux : Shredder. Mais à présent, un danger encore plus grand menace de détruire leur famille. Une menace qui est née il y a trois mille ans. C’est à cette époque qu’un redoutable roi guerrier nommé Yoatl, constitua une fraternité qui combattit à ses côtés avec un seul but : conquérir tous les royaumes du monde. Rien ne pouvait leur résister, ils ne laissaient derrière eux que chaos et destruction. Dans sa quête de pouvoir, le roi guerrier a appris l’existence d’une constellation, les Étoiles de Quican. Tous les trois mille ans, ces étoiles s’alignent, ouvrant un passage vers un monde inconnu. Il devint immortel, mais dû en payer le prix… Ses compagnons, ses frères furent transformés en pierre. Et lors de l’ouverture de ce passage, treize monstres furent relâchés dans notre monde. Le roi guerrier était condamné à errer sur la Terre pour l’éternité, incapable de mourir, ou d’oublier ses terribles erreurs. Et les monstres qui furent relâchés ce jour-là, continuent de hanter l’humanité, aujourd’hui encore.
Les tortues ne formaient plus une équipe. Leonardo était parti s’entrainer depuis plus d’un an dans la jungle d’Amérique Centrale, laissant ses frères sans leader. Avec la mort de Shredder, les mutants avaient raccrochés leurs armes, mais vivaient encore avec Splinter, dans les égouts. Donatello était devenu assistant informatique par télécommunication. Michelangelo regrettait de ne plus se battre contre les méchants, et devait tous les jours enfiler un masque de tortue pour fêter les anniversaires des enfants, se faisant surnommer « Cowabunga Carl ». Raphael quant à lui menait une vie étrange, dormant toute la journée, et sortant la nuit. Il revêtait le costume du Nightwatcher, et poursuivait les malfaiteurs de New York à travers les rues. April quant à elle travaillait avec Casey Jones dans la recherche et la vente d’objets d’antiquaire, et avaient actuellement comme client un milliardaire du nom de Max Winters. L’homme était désireux de retrouver des statues en Amérique Centrale, pour qui il semblait éprouver beaucoup d’affection. Durant l’un de ses voyages périlleux, elle retrouva Leonardo, à qui elle expliqua la situation dans laquelle s’enlisait sa famille, perdue sans lui.
Winters était en réalité le roi guerrier Yoatl, et voulait retrouver ces statues de pierre, car elles étaient ses trois frères et sœur d’armes, les généraux Mono, Aguila, Gato et Serpiente. Il utilisait une machine capable de les faire revenir à la vie, tout en gardant leur enveloppe de pierre. Il leur demanda alors de capturer les treize monstres qui s’étaient échappés du portail, trois mille ans auparavant. Il fit également appel au Foot Clan, mené à présent par Karai, pour cette tâche qui s’annonce fastidieuse.
Leonardo avait songé aux paroles d’April et décida de rentrer à New York. Il regrettait toutefois son entraînement, qu’il jugeait être un échec. Son retour était très apprécié de ses frères, même si Raphael semblait gêné. Splinter les autorisa à refaire des rondes dans la ville, mais leur interdisant le combat tant qu’ils n’avaient pas retrouvé leur cohésion d’équipe. Durant la sortie, les tortues virent le Foot Clan combattant un monstre géant, le Bigfoot. Le clan ninja était très rapidement envoyé au tapis, et les tortues, face à l’engouement du combat, ne résistèrent pas à l’envie d’y participer. La créature démolit dans la bataille l’immeuble en construction où elle se trouvait. Les tortues manquèrent de peu de se faire écraser par la chute de la structure. L’immeuble était presque entièrement détruit. Le lendemain, les informations parlaient du désastre. Splinter était déçu de voir que ses fils n’avaient pas respectés son souhait.
Du côté de Winters, l’alliance entre le Foot Clan et ses guerriers de pierre était bénéfique, et très rapidement, ils purent capturer une dizaine de monstres, qu’ils enfermèrent dans des cages. Raphael ne supportait pas de rester les bras croisés à ne rien faire. Il partit à la rencontre de Casey, pour essayer d’éclaircir la situation sur ce qu’il avait vu la veille. Soudain, un monstre ailé, le Vampire Succubor les frôla. Se lançant à sa poursuite, les deux amis le virent se faire capturer par les guerriers de Winters. Peu discrets, ils se firent prendre en chasse à leur tour. Raphael reçut une fléchette empoisonnée, ainsi qu’un shuriken dans la carapace. Ils parvinrent tous deux à se cacher, et la police fit fuir les créatures de pierre.
Raphael était mal en point. Donatello inspecta le shuriken et y découvrit des inscriptions précolombiennes. Sur la fléchette qui était figée dans le bras de la tortue, le nom de l’entreprise de Winters y était inscrit. Casey comprit ce qu’il se passait, reconnaissant soudain les statues de pierres qu’il avait livrées ces derniers temps au milliardaire avec April. Cette dernière commençait à se demander si la vieille légende de Yoatl n’était pas qu’un mythe, mais bien la réalité. Donatello et elles firent des recherches sur la question, et découvrirent que la légende était en lien avec l’alignement de constellations, les Étoiles de Quican, qui allait se produire. C’est en réunissant les treize monstres que Winters serait capable d’ouvrir le portail et de faire venir encore d’autres créatures.
Raphael, qui avait repris ses esprits, ne voulait pas rester sans rien faire, attendant que ses frères trouvent une solution. Il voulait retrouver les derniers monstres avant Winters. Il partit arpenter la ville dans son costume de Nightwatcher. Il trouva dans un fast-food le Jersey Devil, une petite créature rouge, super active. Il parvient très difficilement à l’arrêter, mais Leonardo se lança à sa poursuite, ignorant que son frère et ce justicier étaient la même personne. Un combat s’en suivit sur le toit d’un immeuble, et le justicier dévoila son identité. Il était temps pour Leonardo et Raphael de régler leurs comptes, une animosité croissante était présente entre eux depuis le retour de la tortue. Les sabres de Leonardo furent brisés. Raphael avait gagné. C’est alors qu’il réalisa ce qu’il venait de faire, et s’enfuit, couvert de honte. Au même moment, arrivaient les guerriers de pierre. Ils avaient découverts que Winters désirait capturer les treize monstres pour lever le sort d’immortalité. Il n’en était pas question. Ils étaient forts et venaient de revenir à la vie. Ils ne comptaient pas partir ainsi. Cherchant ce qui pourrait leur servir de fausse treizième créature, ils mirent la main sur un Leonardo extrêmement affaibli. Ses cris sur les toits de la ville alertèrent Raphael, qui n’eut pas le temps de le secourir. Revenant au repaire, il expliqua ce qu’il s’était passé à son maître. Il était temps d’intervenir !
Les tortues, Splinter, April et Casey partirent alors pour la tour de Winters, décidés à empêcher le milliardaire d’envahir le monde avec ses monstres mais surtout pour retrouver Leonardo. À leur arrivée, le portail était déjà ouvert, un immense faisceau lumineux jaillissait de la flèche du bâtiment vers le ciel. Les ninjas Foot de Karai venaient à leur rencontre pour les empêcher d’agir. Ils ne firent pas le poids longtemps. Pénétrant dans le bâtiment, Winters s’écrasa net à leurs pieds. Sa chute aurait dû être mortelle, mais il se réveilla. De presse, il leur expliqua son réel but. Comprenant ce qu’il s’était passé, et que Leonardo avait pris la place du treizième monstre, April, Casey, Karai un ninja Foot partirent à sa recherche à travers la ville. Leonardo libéré de sa cage, Raphael lui donna de nouveaux sabres. Les tortues pouvaient affronter les guerriers de pierre. Splinter quant à lui veillait à ce que de petites créatures volantes qui s’échappaient du portail ne quittent pas la pièce dans laquelle ils se trouvaient.
Finalement, le monstre fut trouvé et amené dans l’immeuble dans un immense fracas. Glissant, il termina sa course dans le portail. Tout était terminé. Les guerriers de pierre furent happés. Winters pouvait savourer sa victoire et enfin gouter à la mortalité qu’il convoitait depuis des lustres. Faisant ses adieux et remerciant les mutants de l’avoir aidé, il partit en poussière.
Le combat était terminé. Karai, s’en allant, les avertit que ce combat qu’ils avaient menés ensemble n’était pas la fin de la guerre entre leurs clans. Des visages familiers allaient revenir prochainement. Splinter ramena le casque de Winters dans les égouts, qu’il plaça dans sa salle des trophées, non loin de celui de Shredder. Raphael lui demande aussi d’y mettre son casque de Nightwatcher, et Michelangelo son masque de Cowabunga Carl. Les tortues étaient à nouveau réunies.
On vit ensemble, on s’entraine ensemble, on se bat ensemble et on défend le bien ensemble. Nous sommes des ninjas. On frappe fort, on défend, on protège et on disparait dans la nuit. Et c’est pas un monstre, ou un sale type qui changera ça. C’est ça l’important, et c’est pour ça qu’on sera toujours des frères. J’adore être une tortue !