Alliés principaux

• April O’Neil
• Arnold Bernid « Casey » Jones
• Donatello
• Leonardo
• Michaelangelo
• Raphael
• Splinter

Foot Clan (période contemporaine)

• Cha Ocho
• Garde d’élite de Shredder
• Hamato Yoshi
• Karai
• Oroku Nagi
• Oroku Saki / Shredder
• Oroku Saki / Shredder – Clone
• Soldat Foot
• Soldat Foot d’élite

Ennemis

• Baxter Stockman
• Mouser
• Savanti Juliet
• Savanti Romero
  

Triceratons

• Daz Ublem (Guerrier de Monza Ram)
• Mixx Trolo (Guerrier de Monza Ram)
• Monza Ram (Guerrier)
• Mozar (Commandant)
• Thrunknor (Officier de navigation)
• Xiote Damaz (Guerrier de Monza Ram)
• Zanramon (Chef Suprême)
• Zarg (Capitaine)
• Zarghan (Commandant de bord)
• Zed Lakin et Raz Charkov
• Zog
• Zura

Fédération

• Blanque (Général)
• Lonae
  

  

Utroms

Usagi Yojimbo

• Clan ninja Neko
• Kakera
• Miyamoto Usagi (Usagi Yojimbo)
• Murakami Gennosuke (Usagi Yojimbo)
• Jei (Usagi Yojimbo)

Autres

• Blobboid
• Cerebus l’Aardvark
• Charles Pennington
• Chote
• Griddex
• Gosei Hattori
• Graviturtle
• Honeycutt (Professeur) / Fugitoïd
• Hunter « Hun » Mason
• Leatherhead
• Nobody
• Rat King
• Renet
• Shellectro
• Simultaneous (Seigneur) / Marcus Sandelheim
• Spasmosaur
• Tang Shen

Pantheon