Le Conseil des Trois forme le haut conseil des Utroms. Composé comme son nom l’indique de trois membres, ils sont toujours représentés dans une pièce sombre. Ce sont eux qui décident des agissements des Utroms. Ils parlent toujours en se complétant mutuellement leurs phrases.
Organe penseur des Utroms, ils dictent la conduite à prendre, tant à Mortu, qu’aux Gardiens, qui sont toujours en contact direct avec eux. Ils demandèrent par exemple à ce que les tortues soient espionnées pour savoir s’il était possible de s’en faire des alliés. Ils fuirent avec les autres Utroms en direction de leur planète dans l’épisode Les origines du mystère, part.3 (S2 E8).