Les comics des Tortues Ninja sont les histoires à ce jour les plus complètes et longues de la licence. Aventures complexes, sombres, en plusieurs parties ou parfois bien plus légères, les différents univers permettent de brosser un large éventail d’histoires pour tous les goûts. Si chaque univers est relativement indépendant et dépeint une histoire sensiblement différente, il n’est pas rare qu’une trame scénariste des dessins animés s’en inspirent.